Universitatea Emanuel din Oradea are următoarele structuri de conducere și consultative:
- Consiliul de administrație
- Senatul Universității Emanuel din Oradea
- Comisiile de specialitate ale Senatului UEO
- Comisia CEAC a UEO
- Comisia de Etică
- Consiliul Facultății de Teologie
- Consiliul Departamentului de TMSSU
- Comisia CEAC a Facultății de Teologie
- Consiliul Facultății de Management
- Consiliul Departamentului de MIE
- Comisia CEAC a Facultății de Management
